Samye fu il primo monastero buddista ad essere costruito in Tibet e la sua forma a mandala copiata da un monastero dell'India del Nord simboleggia il Monte Sumeru posto al centro del Cosmo secondo la concezione che il buddismo ha dell'Universo.

Il monastero è stato danneggiato e restaurato più volte nel corso della sua lunga storia e l'ultimo assalto al suo patrimonio artistico è avvenuto durante la Rivoluzione Culturale.